Hay que considerar dos conjuntos de bases de datos a migrar.
Uno es el de los datos maestros: principalmente clientes, proveedores, artículos, calculo que eso tiene cierta complejidad pero no creo que sea imposible de hacer.
El otro conjunto de bases de datos quizás es más complicado migrar porque además es una migración que como mínimo debe ser mensual, ahí me parece que se complica bastante más: serían los documentos de compra, venta, cobros, pagos y cheques en formato de asientos contables.
Sino se podría ver una manera de simplificar la carga de esos datos en el Contaplus obteniéndolos desde el StockBase.